ในปี 1966 เกิดภัยพิบัติไคจู ทั่วโลก Global Guardian Force (GGF) จึงถึอกำเนิดขึ้นเพื่อป้องกันการถูกรุกรานของเหล่าไคจู ในเวลาปัจจุบันโลกนั้นถูกทำลายธรรมชาติและการมาของภาวะโลกร้อนอย่างต่อเนื่อง และในคืนนึง ไคจู Bazanga (บาซันก้า) ปรากฏตัวขึ้น แต่หน่วย GGF ก็ไม่สามารถต่อกรได้ และหน่วยพิเศษของ ฮิรุมะ เก็นโตะ ตกอยู่ในสถานการณ์ที่สิ้นหวัง ทันใดนั้น ก็มียักษ์ลึกลับจากแสง มันคือเอเลี่ยนลักษณะคล้ายมนุษย์ที่มีข่าวลือมาหลายทศวรรษจากนักบินอวกาศ โดยมีโค้ดเนมว่า “อุลตร้าแมน” ต่อมา เก็นโตะ ได้ถูกแต่งตั้งเป็นหัวหน้าหน่วย สคาร์ด (SKaRD) ที่ย่อมาจาก Special Kaiju Reaction Detachment เป็นหน่วยงานลับที่ก่อตั้งขึ้น และก็ยังมีหุ่นรบรูปแบบไคจู Earth Garon (เอิร์ธ การอน) เพื่อต่อกรกับเหล่าไคจู กัปตันเก็นโตะ ถูกปกคลุมด้วยแสงของอุลตร้าแมนเบลซาร์ พร้อมทั้งสมาชิกใหม่ของหน่วย SKaRD ที่พร้อมรับมือกับเหล่าไคจูด้วยความกล้าหาญและยุติธรรม